1984年，发行个人第一首创作单曲《谁曾说过》，这首歌曲收录在他与林良乐、钱榫鑫以及台风合唱团共同推出的音乐合辑《名歌三人行》中；同年，在张淘淘发行的专辑《抱着你的感觉》中参与演唱歌曲《梦21》。
1985年，加入心声唱片公司，并推出首张个人专辑《最后圆舞曲》，但因唱片公司在专辑发行前倒闭，因此该专辑未正式发行；同年，开始担任音乐制作助理，并为潘越云创造歌曲《眼眶之中》。
1986年，在李宗盛的介绍下，周华健进入滚石唱片公司担任制作助理，并为张淘淘创作了两首情歌《怕》和《来世情》；同年，在齐豫的引荐之下，周华健认识了制作人陈扬，并开始演唱广告歌曲。
1987年，参演个人首部电影《桂花巷》；7月，发行加入滚石后的第一张专辑《心的方向》，并参与了其中9首歌曲的创作；该专辑发行后在台湾地区的销量达到20万张，而专辑同名主打歌《心的方向》也奠定了他在音乐上的基调。1988年8月，发行国语专辑《我付出我的真爱我实现我的梦》，并为专辑创作了抒情歌曲《摇篮曲》以及《摆渡人的歌》 ；9月，发行个人首张英文专辑《Sad Without You》；同年与张艾嘉、梁家辉、李宗盛等共同出演剧情片《春秋茶室》。
1989年，发行国语专辑《期待更多付出更多》，收录了情歌《没有永久的爱情》、单元剧《全家福》的主题曲《家和我一起成长》等10首歌曲；同年，发行个人首张概念专辑《最真的梦》，该专辑发行后获得马来西亚金唱片奖，而他个人作曲的歌曲《这城市有爱》则获得第二届台湾金曲奖最佳年度歌曲奖。
1990年，获得第一届台湾金曲奖最佳国语歌曲男演唱人奖提名；同年，发行国语专辑《不愿一个人》，并为专辑创作了家庭式情歌《不愿一个人》以及关于青春期的歌曲《亲亲我的宝贝》 。
1991年2月，发行英文专辑《Blue Bird 青鸟》；11月，发国语专辑《让我欢喜让我忧》，并为专辑创作了《璀璨》、《怕黑》等4首歌曲；该专辑发行后年度销量超过200万张，而专辑同名主打歌《让我欢喜让我忧》不仅在华语地区获得关注，还奠定了他在华语乐坛的地位。
1992年，成立摆渡人音乐工作室；同年，获得第三届台湾金曲奖最佳国语歌曲男演唱人奖提名；5月，制作并发行了英文专辑《I Remember》，该专辑发行后创下英文专辑在台湾地区的销量纪录；同年，与李宗盛、陈淑桦、赵传在北京、上海等地举行“大家乐”滚石大陆演唱会。
1993年，凭借专辑《让我欢喜让我忧》获得第四届台湾金曲奖年度最佳国语歌曲演唱人奖；4月20日，发行国语专辑《花心》；该专辑发行后年度销量超过400万张，而专辑同名主打歌《花心》则在光华文化中心与中广电合办的“十年来十大海外金曲颁奖礼”中获得十年来十大海外金曲奖；7月，在台北国父纪念馆举行“今夜阳光灿烂”亚洲巡回演唱会；8月，发行英文专辑《Song of Birds》 ；此外，他还在香港伊丽莎白体育馆举办“今夜阳光灿烂”演唱会，这也是他首度在香港举行个人演唱会；同年，获得台湾金曲龙虎榜最佳男歌手奖以及叱咤乐坛流行榜叱咤过江龙银奖。
1994年1月，发行演唱会专辑《今夜阳光灿烂》，并获得《壹周刊》全年最佳中文现场音乐会唱片奖；6月，发行国语专辑《风雨无阻》，并为专辑创作了《难兄难弟》、《刀剑如梦》等歌曲，而专辑同名主打歌《风雨无阻》则获得华语音乐榜中榜ChannelV中文Top20榜中榜歌曲奖；9月，参演喜剧片《等爱的女人》；同年，赴香港发展演艺事业，并于9月底在香港红磡体育馆举办三场个人演唱会；10月，发行个人首张粤语专辑《有弦相聚》，专辑中由周华健个人谱曲的歌曲《昨晚你已嫁给谁》获得十大劲歌金曲奖以及十大中文金曲奖最佳原创歌曲奖；11月，在新加坡举行亚洲巡回演唱会；同年，获得十大劲歌金曲奖新一代杰出表现奖金奖以及第五届台湾金曲奖最佳国语歌曲男演唱人奖提名。
1995年1月，发行国语专辑《我愿意去等》，其中由周华健作词、作曲的歌曲《你喜欢的会有几个》获得华语音乐榜中榜ChannelV中文Top20榜中榜歌曲奖；5月，发行粤语专辑《弦途有你》，主打歌《浓情化不开》获得第三届金心情歌颁奖礼金心情歌金奖、十大中文金曲奖最佳原创歌曲奖；同年，他除了为古装剧《武当张三丰》创作主题曲《风笑痴》外，还为武侠剧《神雕侠侣》创作主题曲《神话情话》，并在台北、彰化、高雄等地举办“天下有情人”演唱会；7月，发行国语专辑《爱相随》，并为专辑创作情歌《天下有情人》；该专辑获得新加坡金曲奖SPVA年度最畅销男歌手专辑奖，而专辑同名主打歌《爱相随》则获得华语音乐榜中榜ChannelV中文Top20榜中榜歌曲奖；同年，获得十大劲歌金曲奖最受欢迎创作歌手金奖以及叱咤乐坛流行榜叱咤乐坛唱作人奖。
1996年，在新西兰、澳洲、美国等国家举行“滚石弦全周华健巡回演唱会”；1月，参演动作喜剧片《红番区》 ；2月，发行国语专辑《爱的光》，并为专辑创作了《我试着假装》、《女人的名字》等情歌；6月，发行现场专辑《弦犹在耳》，；7月，发行国语专辑《小天堂》；该专辑走夏日玩乐曲风的路线，并在马来西亚RIM畅销排行榜上蝉联10周冠军。同年12月，发行粤语专辑《生·生活》，并为专辑创作了《像我这样的男人》、《难念的经》等歌曲。
1997年2月6日，参演的喜欢片《97家有喜事》上映；4月，发行国语专辑《朋友》，专辑同名主打歌《朋友》获得醉心龙虎榜十大金曲奖以及华语音乐榜中榜Channel[V]中文Top20榜中榜歌曲奖，该歌曲也成为其歌唱生涯的代表作品之一；同年，为动作片《我是谁》制作电影音乐；10月，发行粤语专辑《世界由你我开始》，并为专辑创作了《有过去的人》、《今夜无所不能》等作品。
1998年，成立摆渡人录音室；同年，他为刑侦警匪剧《平安事务所》创作并演唱主题曲；8月，发行国语专辑《有故事的人》，并参与其中7首歌曲的创作；该专辑的同名主打歌获得华语音乐榜中榜Channel[V]中文Top20榜中榜歌曲奖，而他与李宗盛、品冠共同作曲的歌曲《最近比较烦》则获得十大劲歌金曲最受欢迎国语歌曲铜奖。1999年3月，发行英文专辑《My Oh My 至爱吾爱》 ；5月，获得第1届CTV-MTV音乐盛典台湾地区最佳男歌手奖；同年，发行专辑《现在》，并身兼专辑的创作人、制作人和演唱者三重身份。
2000年，在美国拉斯维加斯举行“The Mirage Hotel”演唱会。2001年，发行国语专辑《忘忧草》；该专辑由周华健与李宗盛共同担任制作人，并融合了民谣、摇滚等多种音乐风格，其中主打歌《有没有一首歌会让你想起我》获得第二届音乐风云榜颁奖盛典年度十大杰出金曲奖以及国语力颁奖礼国语力歌曲奖。2002年，发行精选专辑《遇见华健的感动》；同年，与李创锐、郑智允、洪赐健共同出演励志片《跑吧孩子》；3月，获得第2届音乐风云榜颁奖盛典年度卓越表现奖；6月，获得第1届中国唱片金碟奖最受欢迎港台男歌手奖。
2003年，在科幻剧《第八号当铺》中饰演拥有财富和法力的当铺前任老板；7月30日，发行国语专辑《一起吃苦的幸福》，其中主打歌曲《在云端》由周华健个人作曲；9月19日，在北京首都体育馆举行演唱会，并演唱了《让我欢喜让我忧》、《明天我要嫁给你》等代表作；9月10日，举行“台北听健月光中秋演唱会”；10月，发行精选专辑《KEEP WAKIN 1987-2002周而复始》；同年，获得第4届中国金唱片奖引进版类男艺人奖。
2004年3月，获得第11届中国歌曲排行榜华语乐坛特别贡献奖；10月，在南京五台山体育馆举行个人演唱会。2005年，发行精选专辑《男人三十》；同年，获得新加坡金曲奖流行乐坛杰出歌手奖。
2006年，成立“渡船头”录音室；同年3月，在北京首都体育馆举办纪念从艺20年的演唱会；3月25，发行国语专辑《雨人》，专辑曲风走淡雅清新的路线；该专辑发行首周在亚洲的预购量超过80万张，其中同名主打歌获得星光大典中国音乐联播榜十大金曲奖；5月20日，在上海举办“华健20周年演唱会”；9月2日至3日，在台湾举行“华健20周年演唱会”。
2007年，参与创作歌曲《我是明星》。2008年，为剧情片《欣月童话》创作主题曲《圆一个梦》；4月，创作并演唱歌曲《圣火传奇》；7月，与罗大佑、李宗盛、张震岳共同组成纵贯线乐团；9月20日，在上海举行“屋顶演唱会”；11月，在在南京五台山体育场举行“华健和我南京演唱会”，并演唱了专为歌迷创作的歌曲《你们》。
2009年1月26日，在央视春晚，纵贯线乐团表演歌曲串烧。这也是周华健第一次亮相中央电视台春节联欢晚会；同年3月7日起，与纵贯线乐团的其他成员一起举行超过50场的巡回演唱会，并打破华人乐团巡回演唱会的场次纪录；9月，随纵贯线乐团发行首张EP《北上列车》，其中收录了由周华健作词、作曲的歌曲《亲爱的》；同年，为丁当的专辑《夜猫》创作歌曲《突然想爱你》；该曲由周华健与丁当合唱，并被选为偶像剧 《下一站，幸福》的片尾曲。
2010年1月30日，纵贯线乐团正式解散；2月，入围中国原创音乐流行榜最高音乐成就奖；6月，演唱山水实景演出《印象大红袍》的主题曲《红》；9月11日，在武汉体育中心体育馆举行“花的拼图”演唱会，并在现场翻唱了《天涯歌女》、《新不了情》等歌曲。
2011年5月，推出专辑《花旦》；这张专辑融合了京剧与流行乐曲风，而周华健也在专辑中首度尝试京剧唱腔；该专辑发行首周获得台湾玫瑰大众销售榜冠军；6月，在台北小巨蛋举行“花旦周华健演唱会”。2012年1月，担任古装剧《精忠岳飞》的音乐总监，并与唐季礼共同创作该剧的主题曲《潇潇雨未歇》；11月，与张震岳共同为动作片《十二生肖》创作主题曲《妙手空空》。
2013年8月，为3D动画电影《昆塔传奇》创作插曲《不可能是不可能的事》，并与苏慧伦共同演唱这首歌曲；12月6日，推出以古典侠义为主题的专辑《江湖》，并参与了专辑所有歌曲的作曲以及编曲；整张专辑的音乐风格融合了摇滚、京剧和民谣等多种音乐元素。
2014年2月11日，在悉尼举行“周华健世界巡回演唱会”；7月，凭借专辑《江湖》获得第25届台湾金曲奖最佳国语专辑奖提名。同年，加盟CCTV-3《中国好歌曲》担任导师。
2015年1月，在台北小巨蛋举行“今天唱什么”演唱会，并在演唱会现场用四种不同的语言演唱了四首歌曲；4月，在北京工人体育场举行“今天唱什么”演唱会；演唱会上，他不仅演唱了编成爵士曲风的《心的方向》、《其实不想走》等歌曲，还在演唱会上展现了百老汇式的歌舞表演。同年担任《中国好歌曲第二季》导师。
2016年4月25日，在广州国际体育演艺中心举行“今天唱什么”演唱会；周华健于2016年9月3日重返北京，在首都体育馆举办的《今天唱什么》北京演唱会已完美落幕；同年10月19日，于台北小巨蛋体育馆举办“今天唱什么”出道30年“心头好特别版”演唱会，演唱了《爱相随》、《朋友》等代表作。
2019年2月4日，2019年央视春晚，周华健与任贤齐演唱歌曲《朋友》；同年3月22日，发行原创音乐剧专辑《赛貂蝉》；9月20日，参演东方卫视《中国梦之声·我们的歌》节目，于2019年第四季度周日黄金档开播；同年12月13日，发行专辑《少年》。